Absolwentka Wydziału Matematyki Uniwersytetu Marii Curie-Skłodowskiej w Lublinie i studiów MBA na Politechnice Warszawskiej.
Przez 20 lat związana była z Grupą ING. Od 2006 r., jako Prezes Zarządu, budowała ING Tech Poland, centrum technologiczne Grupy ING dostarczające usługi IT, w tym cyberbezpieczeństwa i rozwiązań chmurowych, dla klientów w ponad 20 krajach. W 2017 r. objęła w Nordea stanowisko Head of IT Poland, biorąc udział m.in. w budowaniu Nordea Horizon Center – nowoczesnego ośrodka monitorowania i operacji IT.
Od stycznia 2021 r. pełni funkcję Wiceprezesa Zarządu BNP Paribas Bank Polska S.A. nadzorując Obszar Nowych Technologii i Cyberbezpieczeństwa. Odpowiada za strategię i rozwój systemów informatycznych, wspierając cyfrową transformację Banku.
Magdalena Nowicka aktywnie działa w projektach wspierających rozwój kobiet w świecie nowych technologii. Jest mentorką programu „Technologia w spódnicy”.